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更新履歴 (2013' Apr. 5)


人気の解析サービス: Nucleic and/or Amino Acid contents , reverse complement , ORF finder
お勧めの解析サービス: ORF finder , blastmatrix

Difference Plot PHP not complete 
k
Templeteに対応する領域をquery配列から抽出する Not work well
アライメントの色付け2 NEW! (120924)
アライメントしたfasta配列に色を付けたい時に。
「アライメントの色付け」よりも細かい色が出せるようになりました。
MolConc
任意の量・任意のモル濃度の溶液を調整するときに必要な試薬の量を計算します。
Sqdif Plot PHP not complete
Miyata-Yasunaga法、またはNei-Gojobori法を使って 塩基配列のシノニマス置換率、ノンシノニマス置換率を計算します。
配列の領域ごとに計算し、シノニマス・ノンシノニマス変異率の 領域による違いをグラフにすることも可能です。
Color-Bar Plot PHP not complete
プロットデータからカラーバーを描画します。
Count sequence population
入力配列の中から同一の配列が何本含まれているかを数え、 ユニークな配列のリストを出力する。 また、Shannon-Wiener の多様度指数 (H) も計算する。
コンセンサス
マルチファスタ配列のコンセンサス配列を見つけるために、どのサイトにどの残基がどれだけ使われているかがわかる。
ヒストグラム
コマンドライン版ヒストグラムをwebでも使えるようにしたもの。
blastmatrix のページ Homology Matrix powered by BLAST PHP not complete
高速なホモロジーマトリックス描画サービス
メガベースペアくらいまでは描画可能!
multi blastmatrix のページ blastmatrix for multifasta
マルチファスタに対応させたblastmatrix
複数配列のアライメントを一望に出来ます。
ORF finder
入力したマルチファスタ配列からORFを切り出す。
オプションでORFを翻訳することも可能。
reverse complement
入力したマルチファスタ配列の相補配列を返すプログラム。
Nucleic and/or Amino Acid contents
入力した塩基配列のGC含量またはアミノ酸含量を計算します。
アミノ酸含量を計算する際は、分子量と電荷も推定します。
更に、紫外線吸光度を入力すると、タンパク質濃度を計算します。
マルチプルアライメント UP DATE (13' Apr.5)
clustalw 又は mafft を使った普通のマルチプルアライメント
2013年4月5日からアミノ酸を考慮したアライメントが出来るようになりました。
tranalignを選択してコーディングフレームを入力すると、 アミノ酸に翻訳した後に mafft の自動モードでアライメントを行い、 アミノ酸アライメントの結果を元に塩基配列をアライメントします。
アライメントの色付け
アライメントに色をつけたいときに。
align形式からmultifastaへ変換
アライメントしてしまったデータをfastaフォーマットに戻したいときに
DoCoNo
キー配列が対象のマルチファスタ配列のどこにあるか検索する
Gene Web III
大阪大学 遺伝情報実験センターの誇る 遺伝子解析ツール群
Color-Bar Plot
blastmatrix
align color
gene web III
multi blastmatrix


Dengue genotyping database
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